1989年，慈济护理专科学校创校，设有二年制护理科。

1990年，增设五年制护理助产科。

1981年，护理助产科改名护理科。

1992年，增设夜间部二年制护理科。

1995年，增设二年制复健科、幼儿保育科、医务管理科。

1996年，增设增设二年制日间部放射技术科。增设护理科原住民专班。

1997年，改制为慈济技术学院，增设日间部二年制物理治疗系、放射技术系、医务管理系、幼儿保育系。停招日间专科部二年制放射技术科、物理治疗科（原复健科）及二年制夜间部护理科普通班。

2000年，增设日间部四年制物理治疗系、放射技术系、医务管理系、幼儿保育系、会计系。停招日间部二年制医务管理科停招。

2001年，增设日间部二年制护理系。停招日间部另二年制护理科、幼儿保育科、夜间部二年制护理科及日间部二年制物理治疗系、放射技术系。

2002年，停招日间部二年制医务管理系。另五专护理科减招一班。停招夜间部二年制幼儿保育科在职专班。

2003年，停招日间部二年制幼儿保育系。

2004年，增设进修部二年制幼儿保育系在职专班。停招日间部四年制幼儿保育系。

2005年，停招进修部二年制幼儿保育系在职专班。日间部四年制放射技术系增招一班。

2006年，增设四年制资讯工程系。日间部二年制护理系增招一班。

2007年，幼儿保育系全系停招。

2008年，增设放射医学科学研究所。日间部四年制放射技术系减招一班。日间部四年制医务管理系增招一班。五年制护理科原住民专班改为奖助班。

2009年，停招日间部四年制物理治疗系。日间部四年制资讯工程系增招一班。进修部二年制护理系在职专班停招，改以进修学院二技护理系招生。

2011年，放射技术系改名医学影像暨放射科学系。

2013年，会计资讯系改名行销与流通管理系。资讯工程系改名资讯科技与管理系，并增设资讯科技组与资讯管理组之分组。