中国人民解放军第二炮兵工程大学原是一所为地面炮兵培养初级指挥军官的军事院校。1951年1月，西北军区司令员彭德怀、政治委员习仲勋签署命令，由西北军区炮兵教导团与第一野战军野炮团合并改编西北军区炮兵学校。1951年3月，更名为中国人民解放军第一炮兵学校。1955年8月，迁至西安。1956年2月，更名为中国人民解放军西安炮兵学校。

为打破西方大国的核讹诈、核垄断，加快中国战略导弹部队组建步伐，先行培养中国自己的导弹人才，1959年6月，党中央、中央军委决定，学校结束地面炮兵培训任务，以西安炮兵学校为依托，长辛店炮兵教导大队训练力量为骨干，吸收空军十五航校部分教员学员，改建炮兵特种技术性质院校，为保密起见，沿用西安炮兵学校名称。9月1日，工程一期、技师一期学员开学，标志着中国第一所为战略导弹部队培养人才的高等军事院校光荣诞生。

1963年1月，更名为中国人民解放军炮兵技术学院。1969年10月，转隶第二炮兵，12月更名为第二炮兵技术学院。1975年8月，更名为第二炮兵学校。1978年1月，更名为第二炮兵技术学院。1986年6月，更名为第二炮兵工程学院。2011年6月，改建为第二炮兵工程大学