我校创建于1949年，时称华东军区人民医学院。1950年改称上海军医大学。1951年7月正式定名为第二军医大学。

整体实力。学校是国家“211工程”和军队“2110工程”重点建设院校，是军队3所设置研究生院的单位之一，是全国11所开办八年制医学教育的院校之一，是36个“国家生命科学与技术人才培养基地”之一，是我军唯一的外军医学留学生培训基地。

体制编制。机关设四部一院（训练部、政治部、校务部、科研部和研究生院），下辖一部（基础部）、六系（海军医学系、药学系、卫生勤务学系、护理系、中医系、外训系）、研究生管理大队、3所附属医院、5个干休所。

人才培养。学校的主要培训层次有研究生教育、本科生教育、任职教育和留学生教育等。开设长学制医学教育（七、八年制）、临床医学（五年制）、海军临床医学（五年制）、麻醉学（五年制）、药学（四年制）、护理学（四年制）、公共事业管理（四年制）、生物技术（四年制）、中医学（五年制）等9个专业。校党委始终坚持教学工作的中心地位不动摇、教学改革的核心地位不动摇、教学基本建设的优先地位不动摇，稳步推进教学改革，狠抓教学质量建设。“十五”以来，共获得国家教学成果奖3项，军队教学成果一等奖3项、二等奖9项。先后有10篇研究生论文入选“全国百篇优秀博士学位论文”。

学科水平。实施了“1272”学科建设工程，大力推进学科建设。现有国家重点学科一级学科2个（基础医学、药学），二、三级学科26个，军队“2110工程”重点建设学科3个（航海医学、军事生物工程和野战内科学），总后“530工程”重点建设学科2个（军队卫生勤务学和野战护理学），上海市重点学科7个。现有博士后流动站6个，博士学位授权一级学科6个，博士学位授权二、三级学科61个，硕士学位授权二、三级学科78个；学位授权学科涉及医学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学7大门类，基本覆盖学校现有学科专业，覆盖率达到95.7%。现有国家重点实验室1个：医学免疫学；教育部重点实验室1个：分子神经生物学。拥有全军重点实验室10个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室。

师资队伍。实施了“5511”人才建设工程，全面推行科室主任聘任制。科技干部队伍中，有两院院士4名（中科院院士：吴孟超、陈宜张，工程院院士：曹雪涛、王红阳），“长江学者奖励计划”特聘教授4名（曹雪涛、王红阳、夏照帆、何成）、“973”首席科学家3名（曹雪涛、郭亚军、潘卫庆），荣获全军专业技术重大贡献奖和军队专业技术人才奖4人（吴孟超、廖万清、曹雪涛、李兆申），国家有突出贡献中青年专家6名（戚中田、朱明学、张宝仁、廖万清、贾连顺、侯春林）、“百千万人才工程”国家级人选5名（曹雪涛、戚中田、何成、夏照帆、杨甲梅）、“中国青年科技奖”5名（曹雪涛、何成、章卫平、蒋春雷、张卫东）、总后“三星”人才41名、一代名师和伯乐奖22名，上海市医学领军人物9名。博士生导师184名，硕士生导师414名。

科技创新。学校积极推进科研管理体制改革和机制创新，加强重大、重点项目的研究和联合攻关，着力活跃学术氛围，促进了科研规模、水平、效益的持续发展。近三年，学校共承担各类纵向科研课题653项，经费2.1亿多元。其中，承担国家自然科学基金面上项目270项，重点、重大项目6项。共获军队级（含省部级）以上科技成果奖共196项。其中国家最高科学技术奖1项，国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖2项，上海市自然科学一等奖1项，上海市科技进步一等奖6项，军队医疗成果奖一等奖5项，中华医学科技一等奖1项，上海市医学科技一等奖4项，军队科技进步二、三等奖36项，军队医疗成果二、三等奖70项。

医院建设。学校附属长海、长征和东方肝胆外科医院以“救死扶伤，服务军民”为宗旨，坚持科技兴院、质量建院、从严治院、勤俭办院，医院整体建设水平在军内外领先，目前，共展开床位3500余张，年收治病人6万多人次，年门急诊量达200多万人次。在医疗特色上，肝胆外科、胸心外科、烧伤外科、骨科、神经外科、泌尿外科等传统特色更加鲜明，并在肝脏、肾脏等器官移植术，前列腺疾病微创治疗术，以及胰腺疾病、血管病、血液病、真菌病诊治技术等方面形成新的特色。目前，三所附属医院共有10个全军医学研究所，10个全军医学专科（专病）中心，3个国家中医药管理局重点专科（专病）中心，4个上海市临床医学中心。三所医院均为三级甲等医院，长海医院荣获“全国百佳医院”称号，长征医院在全军开展的优质服务竞赛中连续三届荣获“白求恩杯”，东方肝胆外科医院已发展成为国家军队知名的专科医院。